Она родилась 8 марта 1700 года в маленьком городке недалеко от Корка в Ирландии, где её отец Уильям Кормак служил адвокатом. Когда девочке исполнилось пять лет, он отправился за океан в Южную Каролину, где стал владельцем большой плантации. Детство Анны прошло в богатом колониальном особняке со множеством слуг. Отец души не чаял в любимой дочери и не пожалел денег, чтобы дать ей хорошее образование.

Она считалась хорошей партией, и отец уже подыскивал ей выгодного жениха. Но она сделала его несчастным, выйдя тайно замуж за Джеймса Бонни, простого матроса, не имевшего в кармане ни одного пенни. Скрываясь от разгневанного отца, молодожёны сели на корабль, отправлявшийся на остров Нью-Провиденс.

Прибыв на место, она быстро сошлась с богатым плантатором Чайлди Байярдом. Однако вскоре произошла безобразная история, в результате которой Энни оказалась замешанной в убийстве кузины губернатора Ямайки. Энн бросили в тюрьму, правда ненадолго. К счастью для неё, Байярд не поскупился на солидную взятку, чтобы вызволить её оттуда. Вместе с ним Энн совершила несколько торговых поездок по Новому Свету.

Через некоторое время она стала тяготиться обществом Байярда. В мае 1719 года она познакомилась в одной из таверн с пиратом Джоном Рэкхемом, который начал оказывать ей постоянные знаки внимания. Энн переоделась в мужскую одежду и последовала за Рэкхэмом, который взял её с собой в море.

Энн Бонни всегда сопровождала его и не раз доказывала Рэкхему, что никому не уступит в смелости и умении драться. Волею случая они захватили корабль, на котором плыла переодетая мужчиной Мэри Рид. Рид, за спиной которой была армейская подготовка, была единственным пассажиром, не сдавшимся пиратам и принявшим бой. После нескольких неудачных попыток справиться с Рид, ей предложили присоединиться к команде и она согласилась. С этого времени Бонни, Рид и Рэкхем пиратствовали втроём.

В октябре 1720 года Мери, Энн и Рэкхэм все же были пойманы капитаном Джонатаном Барнетом по приказу губернатора Ямайки Вудса Роджерса.

Когда Рэкхэм был приговорён к казни, ему разрешили в виде величайшей милости увидеться с Энн Бонни, но вместо утешения перед смертью она сказала своему любовнику, что он вызывает у неё негодование таким жалким видом:

"Если бы ты дрался как мужчина, то тебя бы не повесили, как собаку"