16 жовтня 1992 року Роулінг одружилася з португальським тележурналістом Жорже Арантесом. Їхній шлюб завершився тим, що письменниці довелося втікати від чоловіка у рідну Велику Британію. Роулінг та Аратнес були одружені близько року й у них народилася донька Джессіка.
Португалець погано ставився до дружини, то ж у цьому шлюбі Роулінг страждала від домашнього насильства та надмірного контролю. У той страшний рік усю радість Джоан черпала у доньці та історії, яка через кілька років принесе їй світову славу. Якось письменниця зізналася, що чоловік погрожував спалити рукопис про Гаррі Поттера, а тому вона ховала копії на роботі. У такий спосіб Арантес намагався контролювати дружину.
Джоан більше не могла терпіти жорстокості чоловіка, то ж втекла від нього у Велику Британію разом з донькою та текстом про "Гаррі Поттера". Португалець поїхав за дружиною, однак суд зобов'язав його повернутися додому і не наближатися до Роулінг.
Цей період був дуже складним у житті Роулінг. Вона ледве зводила кінці з кінцями, ще не знаючи, що за кілька років стане першою мільйонеркою у світі, яка заробила свої статки на письменницькій діяльності.
У 2001 році письменниця таємно вийшла заміж за шотландського лікаря Ніла Мюррея, з яким її познайомила подруга сестри. Цікаво, що він молодший від Роулінг на 6 років. На весіллі молодят було лише 15 людей, адже вони не хотіли, щоб про святкування дізналася преса.
Закохані одружені вже 23 роки, але свій шлюб намагаються тримати у секреті. Джоан народила коханому сина і доньку, то ж тепер у неї троє дітей
