Необходимые расчеты проводились в течение двух лет на суперкомпьютерах Titan и Blue Waters.
Молекулярные биологи из США представили компьютерную симуляцию, на которой показано взаимодействие капсида (внешней белковой оболочки) вируса иммунодефицита человека с окружающей средой.
Соответствующий ролик опубликован на сайте Иллинойсского университета в Урбане-Шампейне, передает интернет-издание аsegodnya.ua.
На нем показаны желтые и синие частицы — входящие и выходящие из капсида ионы — внутри вируса.
Отрицательные ионы, как показало моделирование, о котором сообщается в журнале Nature Communications, накапливаются на положительно заряженной поверхности внутри капсида, тогда как положительные располагаются снаружи. Именно последние притягивают отрицательно заряженные нуклеотиды, из которых состоит ДНК клетки, в которую внедряется ВИЧ.
При определенном значении разности потенциалов возможен разрыв стенки капсида. Данную уязвимость ВИЧ ученые планируют использовать для профилактики и лечения ВИЧ-инфекции.
Компьютерная модель капсида включает в себя 64 миллиона атомов. Симуляция создана с использованием методов молекулярной динамики. Необходимые расчеты проводились в течение двух лет на суперкомпьютерах Titan и Blue Waters.